Noch während seines Rechtsstudiums begann Bonnard, sich künstlerisch zu betätigen. Seit 1887 studierte er an der Pariser Académie Julian, wo er den Maler Maurice Denis kennenlernte; im Jahr darauf schrieb er sich an der École des Beaux-Arts ein. Bonnard setze sich intensiv mit Paul Gauguin auseinander und schloss sich kurzzeitig der Künstlergruppe Nabis an. Neben dem französischen Impressionismus und Post-Impressionismus beschäftige er sich mit dem japanischen Holzschnitt.

Mit Denis und dem Künstlerkollegen Édouard Vuillard bezog er ein Atelier in der Rue Pigalle. 1891 stellte Bonnard erstmals im Salon des Indépendants in Paris aus; es folgten Ausstellungen in der Galerie Vollard und bei Durand-Ruel sowie bei Bernheim-Jeune. 1909 reiste er zum ersten Mal nach Saint-Tropez; bei späteren Aufenthalten an der Côte d’Azur traf er auf Auguste Renoir und Paul Signac.

1912 erwarb er ein Anwesen bei Giverny, wo auch Claude Monet lebte, den Bonnard regelmäßig besuchte. Im gleichen Jahr entstanden als Auftragsarbeiten großformatige Wandpaneele mit Darstellungen der Jahreszeiten für den Moskauer Wohnsitz des Kunstmäzens Iwan Morosow. 1913 reiste er auf Einladung des Kunsthistorikers Alfred Lichtwark mit Vuillard nach Hamburg. 1939 zog sich Bonnard in sein Haus in Le Cannet bei Cannes zurück, das er bereit 1926 erworben hatte. Hier intensivierte sich der Kontakt zu seinem langjährigen Freund Henri Matisse, der unweit von Nizza lebte.